Christian von Koenigsegg osnovao je kompaniju 1994. godine. Sa 22. godine odlučio je da napusti trejd kompaniju u kojoj je do tad radio i osnuje Koenigsegg. Početni uspeh dao mu je neophodnu finansijsku stabilnost da započne uspešnu karijeru proizvođača automobila.
Fabrika je prvobitno osnovana u Olofstromu ali je preseljena 1997. u Margretetorp zbog većeg prostora. Nakon što je u požaru 2003. uništena proizvodna hala, fabrika je ponovo premeštena, ovaj put u prostor koji je nekad pripadao švedskoj avio kompaniji.
U dizajniranju vozila učestvovao je lično Christian zajedno sa Davidom Crafoordom. Prototip je završen do 1996. godine. Nakon toga prošao je kroz obimno testiranje u narednih par godina, takođe nekoliko novih automobila je proizvedeno. Prototip Koenigsegg CC je prikazan 1997. godine na kanskom filmskom festivalu, pri čemu je zadivio sve prisutne svojim dizajnom i performansama. Taj uspeh im je omogućio da nastave sa radom i istraju u proizvodnji finalnog proizvoda.
Unajmljeni su visoko kvalifikovani inženjeri Bentley-a, SAAB-a i Bugatti-ja da tokom 2000. godine urade završni izgled automobila. Septembra 2000. Koenigsegg se predstavio na Pariskom sajmu automobila.
Godinu dana kasnije primili su niz nagrada za dizajn, među kojima je i preswtižna nemačka nagrada Red Dot kao i nagrada za izuzetan švedski dizajn. Koenigsegg CC je takođe izglasan za automobil godine u švedskom magazinu Automobil.
Marta 2004. drugi izuzetan automobil dobio je svoju premijeru na sajmu automobila u Ženevi - 806 hp CCR. Godinu dana kasnje CCR je postao najbrži automobil na svetu, uspevši da svrgne legendarni McLaren F1, zahvaljujući neverovatnom rekordu od 395 km/h (245 milja po satu).
Poslednji model koji je Koenigsegg izbacio nosi ime Trevita i titulu najskupljeg automobila na svetu. Cena ovog automobila, koji u osnovi predstavlja posebnu ediciju modela CCXR, je 2,21 miliona dolara. Trevita ima 1018KS, a napravljena su samo 3 primerka. Ubrzanje od 0-200 km/h traje 8,75 sekundi, dok je najveća brzina 402 km/h.